El Seminario de Popayán tiene una larga y gloriosa historia.

Continuamos en esta edición, la publicación de las notas históricas sobre nuestro Seminario, para que recordemos siempre la importancia que ha tenido nuestra institución en el caminar de la Iglesia y la sociedad colombiana.

En 1777 se reorganizan totalmente las clases en el Seminario, con las cátedras de Sagrada Escritura, Cánones, Leyes, latinidad, Retorica, Teología, Filosofía y Moral, y se reorganiza la Escuela Primaria. En 1778 se dio la refundación del Seminario bajo el Obispado de Obregón y Mena, cuando asumieron su dirección y las clases, ilustres sacerdotes llamados de todos los rincones de la Gobernación de Popayán y los Padres Dominicos entregaron sus cátedras. El 15 de septiembre de 1783, el señor Obispo Obregón y Mena nombra al doctor Juan Mariano Grijalba, Rector del Colegio Seminario.

-En 1785 se vincula al Seminario don Félix Restrepo como catedrático de Filosofía. En 1789 se emprende la reconstrucción del Colegio Seminario por el entonces Obispo Ilustrísimo Señor don Ángel Velarde y Bustamante, obra que termina en 1797. En 1791, el doctor Grijalba intenta nuevamente que su Colegio Seminario sea reconocido como Universidad, pero no lo logra. En 1793 se vincula como catedrático del Colegio Seminario en Derecho Civil, Don Francisco José de Caldas.

- Sobre todo durante la segunda mitad del siglo XVIII las glorias del Real Colegio Seminario no fueron pocas; allí se formaron generaciones de hombres de la Gobernación y de otras latitudes con temple universal. Entre todos descuellan como gran galardón muchos defensores del proceso libertador como los payaneses Camilo Torres, Francisco José de Caldas, Francisco Antonio Zea, José María Cabal, Joaquín de Caicedo y Cuero, Francisco Antonio Ulloa, entre otros. No se pueden olvidar también dos destacados docentes como José Félix de Restrepo (de 1782 a 1789), discípulo de José Celestino Mutis, que pasó a la historia como ideólogo de la libertad para los esclavos en Colombia, ley que sancionó el payanés José Hilario López, y el maestro José María Vergara y Vergara a mediados del siglo XIX.

- Llegado el siglo XIX el Colegio Seminario tuvo que enfrentar entonces las circunstancias de la gesta patriótica. En 1808 se nombra rector del Seminario a don Francisco Javier Rodríguez. En 1809, se nombra de Rector a don Manuel María Arboleda. En 1813, la ciudad en general, y particularmente el Seminario, es saqueado por el pacificador juan Sámano

El 1° de enero de 1814 entró vencedor en Popayán con Antonio Nariño el primer ejército de la Independencia. En marzo instaló el Colegio Constituyente bajo la presidencia del presbítero Andrés Ordoñez que era su capellán castrense (Vargas, p. 544) pero el clero y las autoridades civiles y la mayor parte de los ciudadanos prefirieron huir; el Seminario es convertido en cuartel, quedó desierto y el Colegio se cerró. Subsiguieron periodos alternados de ocupación de la ciudad por parte de realistas y republicanos donde las locaciones del Real Colegio Seminario fueron destinadas como cuartel del bando que predominaba.

- Se tuvo que esperar a 1818, con la llegada del Obispo Salvador Jiménez de Enciso, para poder reabrir el Seminario con nuevas Constituciones y tres cátedras, latinidad, filosofía y teología, cuatro sacerdotes y treinta y tres estudiantes. Es nombrado como rector don José maría Grueso. Las vicisitudes de la época no permitieron que el proyecto prosperara pues a comienzos de 1820, el Obispo Jiménez debió trasladarse a Pasto huyendo de la guerra de independencia en Popayán y se cerró el Seminario.

- Con el regreso a Popayán, luego del destierro del Obispo Jiménez de Enciso, en junio de 1822 se reabrió el Seminari

o hasta el 16 de noviembre de 1827 cuando otro terremoto dejó en ruinas la ciudad, arruinó el edificio y tuvo que ser cerrado por algún tiempo.

- En 1827 Francisco de Paula Santander funda la Universidad del Cauca y destina muchos de los bienes

 del Seminario para dicha fundación. Mientras crecía la recién fundada Universidad, el Colegio Seminario decaía en rentas y personal, minado sobre todo por la escasa juventud que había sobrevivido a la independencia y la traslación de sus bienes al peculio del claustro deseado por Santander.