Inicialmente en Popayán, los fallecidos eran sepultados al interior de las Iglesias y en un solar antiguo de la Capilla de La Ermita donde se ubicó el cementerio o Panteón. En 1793, para evitar la emanaciones de los cuerpos en recintos cerrados, por disposición nacional se prohibió sepultar en las Iglesias y por lo tanto, se acudió a inhumar a todas las personas en el Cementerio de la Ermita que fue ampliado con la compra de solares adyacentes, en la denominada Loma de Cartagena, con el aporte de los canónigos de la Iglesia y el gobierno local.

El 16 de septiembre de 1846, el Dr. Pedro Vicente Cárdenas, Gobernador del Cauca, expidió un Decreto para establecer en la parte occidental de la ciudad un nuevo Cementerio y panteón con bóvedas cubiertas. Una vez estudiados varios lugares se definió construirlo en las llanadas de Pandiguando, potrero de propiedad del Dr. Rafael Diago. Durante 12 meses se trabajó en un cerramiento octogonal con muros de ladrillo y mezcla. El 27 de enero de 1848, a las 4 de la tarde, el Presbítero Manuel María Alaix, delegado por el obispo, bendijo el lugar en presencia de las autoridades y la ciudadanía, que con gran solemnidad participaron del evento.

La Capilla se empezó a construir con planos de Arquitecto José María de Mosquera y simultáneamente se levantaron dos bancos de bóvedas, a uno y otro lado de la Iglesia. Las obras fueron realizadas por el Maestro José Joaquín Álvarez Ante.