Los Seminarios Conciliares nacieron por iniciativa del Concilio de Trento (1545-1563) reunido para lograr una Reforma Católica como respuesta a la Reforma Protestante. En Popayán, el primer obispo que tuvo la iniciativa de hacer realidad los mandatos del Concilio fue su quinto obispo, Juan Pedro González de Mendoza, quien reunió en el año 1617 el “Sínodo de Popayán” en cuyo capítulo 87 se puede leer la institución del Seminario: “Mandamos que se erija el dicho Seminario cada que convenga” (AHEAP, L. 2.639, F. 28.086); es decir, se trató de un seminario conciliar pero circunstancial, o sea, de acuerdo a la respuesta vocacional. Precisamente, en el año 1618 el Cabildo Eclesiástico dispone: “En la iglesia y hospital de Santa María Magdalena, que está cerca de la dicha catedral, [mandamos que] haya el dicho seminario de colegiales” (AHEAP, L. 1.952, f. 80r). El dicho local del Hospital Santa María Magdalena, que había sido fundado por el cuarto obispo, Juan de la Roca, había sido cerrado por falta de suficientes enfermos. Allí, el obispo Ambrosio Vallejo Mejía en el año 1621 logró que el padre Pedro Sánchez Trigueros organizara un estudio de gramática con doce jóvenes encaminados al sacerdocio y por primera vez a esta institución se le llamó: “Seminario” (AHEAP, L. 1952, F. 23.972).
Muy pronto este Seminario de Santa María Magdalena vino a menos; hacia los años treinta del siglo XVII, los padres jesuitas hicieron su entrada en la gobernación de Popayán asistiendo algunas doctrinas de indios y fueron invitados por el obispo y la población para que fundaran en Popayán un colegio tan benemérito como el “San Luis” de Quito. El 28 de abril de 1643 el rey Felipe IV expidió la cédula real de creación del “Real Colegio Seminario San Francisco de Asís de Popayán” (AHEAP, L. 10.446, F. 110.742), siendo sus principales benefactores el deán Francisco Vélez de Zúñiga y el obispo Francisco de la Serna y Rimaga. En este seminario conciliar estuvieron los padres jesuitas como directores desde 1643 hasta 1767 cuando la Pragmática Sanción del rey Carlos III los expulsó de los territorios que gobernaba la corona española. De su estancia en Popayán quedó la construcción del claustro y de la Iglesia de San José como sede del Seminario.
Tras la salida de los padres jesuitas, el Seminario fue regentado por los padres dominicos y luego por el clero secular. La época más gloriosa del antiguo seminario se vivió durante el siglo XVIII donde se destacaron profesores del talante de Juan Mariano Grijalba y Félix de Restrepo, y estudiantes como Francisco José de Caldas, Camilo Torres Tenorio, Francisco Antonio Zea, entre otros próceres, gobernantes, literatos y sacerdotes.
Llegado el siglo XIX, con las guerras libradas en el contexto de la Independencia, el Seminario Conciliar tuvo que sufrir cierres temporales y sobre todo la expropiación de sus bienes por cuenta del General Francisco de Paula Santander quien clausuró el Seminario y fundó la Universidad del Cauca en el año 1827 con las facultades de Jurisprudencia y Teología. A este claustro destinó los sacerdotes seculares que regentaban el seminario y sus bienes muebles e inmuebles. Tras varios intentos por restablecerse, el Seminario Conciliar fue refundado el 2 de febrero de 1871 por iniciativa del obispo Carlos Bermúdez quien entregó la institución a la dirección de los Padres Vicentinos y puso como su principal patrón a San José.
En los años treinta del siglo XX el arzobispo Maximiliano Crespo inició la construcción del actual edificio del Seminario en la Hacienda Campamento. Hasta el Concilio Vaticano II (1962-1965), la historia del Seminario Menor y el Seminario Mayor es una sola. Después de la década de los años setenta la crisis vocacional llevó al cierre del Seminario Conciliar de Popayán y los pocos estudiantes de aquella época debieron trasladarse a seminarios de otras diócesis como Ibagué, Garzón y Bogotá. En cuanto al Seminario Menor, gracias a la gestión del arzobispo Samuel Silverio Buitrago, logró reabrirse como colegio de bachillerato con decreto del 1 de septiembre de 1979 y se encomendó su dirección a la comunidad de los Hermanos del Sagrado Corazón (conocidos como “Corazonistas”) quienes laboraron en el plantel hasta el año 2001 cuando la dirección fue asumida por el clero secular, siendo arzobispo Monseñor Iván Antonio Marín. “Hasta el presente continua siendo una institución educativa de la iglesia en los niveles de enseñanza Preescolar, Básica Primaria, Básica secundaria y Media Académica inspirados en los principios de la Escuela Católica y en acuerdo con la legislación educativa del Ministerio de Educación Nacional” confirma su actual rector, el reverendo padre Juan James Muñoz.
Extraído del libro: “Popayán y sus obispos, Tomo I” del P. Raúl Ortiz Toro.